Ученые из Института биомедицинских исследований IRB Barcelona создали вычислительную платформу DiffInvex, способную выявлять гены, которые помогают раковым клеткам «уходить» от химиотерапии. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Communications (NatCom).
Платформа была обучена на 11 тысячах геномных образцов раковых и здоровых тканей. Алгоритмы охватили около 30 различных типов клеток. DiffInvex продемонстрировала способность точно определять мутации, способствующие лекарственной устойчивости, и выявлять гены, вовлеченные в развитие резистентности к терапии. Среди таких генов оказались PIK3CA, SMAD4 и STK11 — известные «драйверы» опухолевого роста.
Методика DiffInvex основана на сравнении частоты мутаций в кодирующих участках ДНК с соседними некодирующими регионами. Такой подход позволяет более точно оценивать влияние генетической изменчивости без упущений.
Анализ также показал, что некоторые мутации, включая изменения в гене ARID1A, могут возникать в процессе нормального старения и не всегда связаны с развитием опухолей. Это ставит под сомнение их роль как истинных онкогенных провокаторов и может повлиять на стратегии ранней диагностики.
По словам ученых, открытие «универсальных» путей развития резистентного рака может поспособствовать созданию более точных комбинаций препаратов. Например, сочетание традиционной химиотерапии с ингибиторами сигнальных путей, активируемых генами PIK3CA или STK11, способно отсрочить рецидив.